Обязательно в деятельности СЭС широкое использование современных инструментальных и лабораторных исследований с целью объективной оценки гигиенических условий воспитания и обучения в детских и подростковых учреждениях. С этой целью проводится лабораторный контроль за состоянием и воздушной среды и микроклимата помещений, качестве воды, санитарным состоянием почвы земельных участков, качеством питания детей и подростков, санитарно-эпидемиологическим режимом в учреждениях. Кроме того, проводят измерение уровня освещенности и спектра шума в помещениях пребывания детей, гигиеническую оценку детской мебели выборочное исследование предметов детского обихода и др. Лабораторные исследования и инструментальные замеры проводят в соответствии с положением о СЭС и планом, составленным с учетом количества и характера учреждений, санитарного состояния и содержания объекта надзора, состояния инфекционной заболеваемости в районе расположения учреждения, планируемых тематических обследований объектов надзора.

Инструментальные замеры и отбор проб для лабораторного исследования должны сопровождаться санитарным обследованием учреждения. При оценке результатов лабораторного исследования и инструментальных замеров учитывают данные обследования. Работа санитарного врача по гигиене детей и подростков и его помощника строится в соответствии с планом, разработанным на основе конкретной местной санитарно-эпидемической обстановки. В плане выделяются главные вопросы и объекты первостепенной важности, а также объекты, требующие более широкого использования при осуществлении надзора лабораторных методов исследования; определяются объем и характер работы, очередность и частота санитарных обследований.

При необходимости обследование учреждений проводится комплексно с привлечением эпидемиологов, санитарных врачей по коммунальной гигиене, гигиене питания и гигиене труда. В обследовании принимает участие руководитель объекта или уполномоченное им лицо. К обследованию могут быть привлечены представители предприятий, учреждений и организаций, в ведении которых находится объект обследования.